Яндекс

Кафедральные курсы

3

курс, осень

Лекции по биохимии
В.В. Асеев, зачет
Семинары по биохимии
В.В. Асеев, зачет
Введение в энзимологию
В.В. Асеев, зачет
Избранные главы мол. биологии
Т.С. Калебина, зачет
Методы клеточной биологии
О.И. Карпова, зачет
Практикум по биохимии
О.И. Карпова, зачет

Лекции по биохимии

Первая часть потокового курса биохимии: лекции по строению биологических молекул и по углеводному обмену.

Литература:
D. Metzler. ""Biochemistry. The Chemical Reactions of Living Cells"" (последние англоязычные издания)
David L. Nelson, Michael M. Cox ""Lehninger Principles of Biochemistry"" (последние англоязычные издания)
J. Berg, J. Tomoczko, L. Stryer. ""Biochemistry""(последние англоязычные издания)

Лекции
Вопросы

Семинары по биохимии

Семинары по биохимии проходят в виде решения нетривиальных задач: сколько протонов содержит в себе бактериальная клетка; как определить строение полисахарида, исходя из продуктов его гидролиза и окисления; какой аминокислотный состав имеет пептид, если известны продукты его расщепления различными протеазами; какие пары могут образовывать два аденозина и т.д.

Введение в энзимологию

Принципы выделения и очистки ферментов, в первую очередь хроматографические и электрофоретические методы. Классификация ферментов. Ферментативная кинетика, в том числе принципы ингибирования, предстационарная кинетика и кинетика многостадийных реакций. Механизмы регуляции ферментов. Функциональная локализация ферментов в живых системах.
Литература: "Практическая энзимология" Х.Биссвангер.

Конспекты лекций
Программа

Избранные главы мол. биологии

Приглашенные лекторы (в основном, выпускники кафедры) рассказывают о своей работе. Семинары проходят в непринужденной обстановке, где можно и нужно задавать вопросы. На этом спецкурсе есть уникальная возможность попросить Т. С. Калебину пригласить конкретного лектора. Этот курс, в первую очередь, предназначен для помощи студентам в поиске лаборатории для выполнения диплома.

Методы клеточной биологии

Краткий теоретический экскурс по методам молекулярной и клеточной биологии: технология рекомбинантных ДНК, культуры клеток, работа с антителами, микроскопия, рассматриваются подходы к анализу взаимодействий in vitro и in vivo.

Практикум по биохимии

Практикум по базовым методам работы с ДНК: выделение ДНК, рестрикция, клонирование, трансформация, ПЦР, секвенирование.

3

курс, весна

Лекции по биохимии
В.В. Асеев, экзамен
Семинары по биохимии
В.В. Асеев, зачет
Практикум по биохимии
О.И. Карпова, зачет

Лекции по биохимии

Вторая часть потокового курса биохимии. Лекции по витаминам, анаболизму углеводов, жиров, аминокислот, нуклеотидов и ароматических соединений, азотному обмену.

Литература: D. Metzler. "Biochemistry. The Chemical Reactions of Living Cells"
David L. Nelson, Michael M. Cox "Lehninger Principles of Biochemistry"
J. Berg, J. Tomoczko, L. Stryer. "Biochemistry".

Лекции
Вопросы

Семинары по биохимии

В течение курса студенты обучаются на практике применять полученные из лекций знания о процессах обмена веществ для решения различных биохимических задач. Например, рассматриваются вопросы получения аминокислот из интермедиатов гликолиза и ЦТК и энергозатраты на это.

Введение в энзимологию

Практикум по базовым методам работы с белками: методы анализа концентрации, гель-фильтрация, электрофорез, индукция экспрессии рекомбинатного белка, выделение и очистка на колонке.

4

курс, осень

Лекции по молекулярной биологии
С.В. Разин, экзамен
Семинары по молекулярной биологии
А.В. Кульбачинский, зачет
Физика белковых молекул
А.В. Финкельштейн, экзамен
Биоинженерия
П.А. Каменский, экзамен
Большой практикум
Н.Е. Шиян и С.А. Левицкий, зачет

Лекции по молекулярной биологии

Первая часть потокового курса молекулярной биологии: репликация, рекомбинация, репарация, транскрипция, регуляция экспрессии генов.

Литература:
Синтер, Берг. «Гены и геномы» (последние англоязычные издания)
Льюин. «Гены» (последние англоязычные издания)
Weaver. «MolecularBiology» (последние англоязычные издания)
Lodish et al. «Molecular and Cell Biology» (последние англоязычные издания).

Лекции и вопросы

Семинары по молекулярной биологии

Семинары дополняют курс лекций С.В.Разина, на них студенты разбирают статьи, как лежащие в основе нынешних концепций мол. биологии, так и посвященные новым фундаментальным исследованиям. Также студенты получают свежие данные из изучаемых в этом семестре областей мол. биологии: строение ДНК, репликация, репарация, рекомбинация, транскрипция, эпигенетические механизмы регуляции экспрессии генов.

Физика белковых молекул

Курс описывает белковые молекулы с точки зрения физической химии, особое внимание уделяется строению белковых доменов и процессам, происходящим при их сворачивании и плавлении.

Презентации
Книга

Биоинженерия

По ходу курса объясняются различные методы, которые использовались ранее или используются сейчас в мол. биологии. В течение рассказа подчеркиваются характерные особенности каждого метода и их применимость на практике в настоящее время.

Большой практикум

В течение курса студенты получают углубленные практические знания базовых методов молекулярной биологии. Помимо этого, студенты учатся использовать более специфические методы, такие, как задержка в геле, методы дрожжевой генетики и др. Практикум проходит в форме решения конкретной научной задачи; все этапы решения студенты проходят самостоятельно.

4

курс, весна

Хроматин и регуляция транскрипции
С.В. Разин, экзамен
Лекции по молекулярной биологии
В.В. Асеев, экзамен
Энзимология трансляции
С.А. Левицкий, зачет
Биоинженерия и биоимаджинг
Н.А. Ломов и М.А. Рубцов, экзамен
Структура и функция белков
И.В. Чичерин, зачет
Семинар по бакалаврским работам
С.В. Разин, Т.С. Калебина, М.А.Рубцов, зачет
Большой практикум
В.В. Асеев, Т.С. Калебина, С.А. Левицкий, зачет

Хроматин и регуляция транскрипции

В этом курсе обсуждаются вопросы, связанные с работой эпигенетических механизмов, которые играют очень важную роль у эукариот. Во всех клетках многоклеточного организма одинаковый геном, но при этом клетки отличаются друг от друга очень сильно (сравните мышечные и нервные клетки). Геном напоминает огромный справочник, где есть информация на все случаи жизни, но в каждом конкретном случае используется только небольшая часть информации. Ограничение на использование всей генетической информации, которое лежит в основе дифференцировки клеток, целиком определяется эпигенетическими механизмами — определенной системой регуляторных событий, которые в конце концов делают так, что в клетках используется весьма незначительная часть информации, которая имеется в ДНК, и в разных клетках реализуются совершенно разные программы.
Наиболее важным является то, что практически все эпигенетические механизмы работают на уровне упаковки ДНК в ядре. Особые механизмы упаковки ДНК эукариот позволяют упаковать ее так, чтобы какая-то часть была более компактизованной, а для другой части существовала возможность прочитать ту информацию, которая там записана. Так, одновременно с эволюцией хранения генетического материала развивалась система, обеспечивающая возможность предпочтительного использования той или иной его части.

Презентации
Билеты к экзамену

Лекции по молекулярной биологии

Вторая часть потокового курса молекулярной биологии: структура рибосомы и механизмы биосинтеза белка.

Литература:
A.S. Spirin«Ribosomes» (последние англоязычные издания)
Weaver. «MolecularBiology» (последние англоязычные издания)
Lodish et al. «Molecular and Cell Biology» (последниеанглоязычныеиздания).

Билеты

Энзимология трансляции

(молекулярная биология, семинары)

В рамках данного семинара углублённо разбираются отдельные вопросы по молекулярной биологии в области механизмов трансляции. Студенты готовят разборы статей, выдаваемых преподавателем, рассказывают на семинарах, материалы статей активно обсуждаются в ходе семинара.

Биоинженерия и биоимаджинг

Курс посвящен современным методам генетической инженерии, редактирования геномов, а также визуализации клеточных процессов. В рамках курса рассматривается разнообразие генетических векторов, современные способы молекулярного клонирования, методы редактирования геномов, генотерапия и геномное редактирование в медицине, проточная цитофлуориметрия, флуоресцентные белки и внутриклеточные сенсоры, биоимаджинг ядер фиксированных и живых клеток. Блоки по проточной цитофлуориметрии, флуоресцентым белкам и сенсорам читают приглашенные лекторы — специалисты в этих разделах.

Программа
Материалы

Структура и функция белков

Изучение основных третичных структур, организации активных центров и взаимосвязи структур и функций в различных белках

Семинар по бакалаврским работам

Студенты докладывают о прогрессе в своей дипломной работе, а преподаватели задают вопросы и подсказывают, что необходимо улучшить

Большой практикум

На практике изучаются различные методы работы с ферментами: выделение и очистка, определение активности с использованием хромогенного субстрата, определение температурного оптимума, температурной стабильности, pH-оптимума, pH-стабильности, субстратной специфичности, устойчивости к ингибиторам и константы Михаэлиса на примере трипсина.

1

курс, магистратура, осень

Молекулярная биология субклеточных структур
А.А. Колесников, экзамен
Биоинформатика
Е.С. Герасимов, экзамен
Анализ данных высоко-производительного секвенирования
Е.С. Герасимов, зачет
Протеомика и масс-спектрометрия
О.И. Клычников (каф. биохимии), зачет
Трансляция вирусных РНК
А.А. Аграновский (проф. каф.вирусологии), экзамен

Молекулярная биология субклеточных структур

В лекциях освещается организация геномов и характеристика генетических процессов в митохондриях и пластидах (преимущественно у кинетопластид).

Презентации

Биоинформатика

Вводный курс по биоинформатике для начинающих. Каждый год программа корректируется с учётом пожеланий студентов. На курсе объясняются различные алгоритмы, которые являются основными для работы многих биоинформатических подходов (сборка геномов, картирование, аннотация, выравнивание и т.д.).

Анализ данных высоко-производительного секвенирования

Курс, который проводится вместе с основным курсом биоинформатики и по большей части представляет собой сдвоенное с лекцией занятие.

Протеомика и масс-спектрометрия

Курс посвящен современным принципам масс-спектрометрии и протеомного анализа. В конце курса проводятся 1-2 практических занятия на высокопроизводительных масс-спектрометрах.

Трансляция вирусных РНК

Курс посвящен изучению механизмов трансляции вирусных РНК, отличающихся от механизмов трансляции мРНК прокариот и эукариот.

Программа

1

курс, магистратура, весна

Геномика
С.В. Ульянов, зачет
Некодирующие РНК и эпигеномика
В.А. Гвоздев, экзамен
РНК-содержащие вирусы
А.А. Аграновский (проф. каф.вирусологии), экзамен
ДНК-содержащие вирусы
С.Ю. Морозов (проф. каф. вирусологии), экзамен
Современные методы микроскопии
И.И. Киреев (зав. лаб. НИИ физико-химической биологии) А.В. Феофанов (проф. каф. биоинженерии), зачет

Геномика

Современная геномика сочетает в себе исследования структуры генома, его эволюции и регуляции его работы на самых разных уровнях — от связывания транскрипционных факторов с ДНК до пространственной укладки генома. В рамках курса рассматриваются вопросы разнообразия структуры геномов от вирусов до млекопитающих, обсуждается, что такое ген, псевдоген и геномный домен; рассматривается структура регуляторных элементов генома в одноклеточных и многоклеточных организмах, как геномная ДНК химически модифицируется и какие пространственные структуры образует. Для более полного понимания материала разбирается целый ряд молекулярно-биологических методов изучения генома и эпигенома, а в финальной части курса рассматривается, какие данные могут быть получены при изучении работы генома в одной отдельной взятой клетке.

Лекции
Вопросы к экзамену

Некодирующие РНК и эпигеномика

В курсе рассматривается многообразие некодирующих РНК, их функции и их влияние на эпигеномику.

Программа
Презентации

РНК-содержащие вирусы

Курс про особенности мол. биологии РНК-содержащих вирусов: как устроен геном, особенности транскрипции и репликации разных групп РНК-содержащих вирусов.

Программа

ДНК-содержащие вирусы

Курс про особенности мол. биологии ДНК-содержащих вирусов: как устроен геном, особенности транскрипции и репликации разных групп ДНК-содержащих вирусов.

Программа
Презентации

Современные методы микроскопии

Два специалиста мирового уровня в области микроскопии и спектроскопии освещают самые современные методы, включая флюоресцентную микроскопию, микроскопию высокого разрешения, микроскопию индивидуальных молекул и сопутствующие спектроскопические методы.

2

курс, магистратура, осень

Молекулярная биология прокариот
А.В. Кульбачинский. экзамен
Иммуногенетика
Д.В.Купраш (зав. лаб. ин-та молекулярной биологии), зачет
Прионы
О.В. Карпова (зав. каф. вирусологии), зачет
Семинары по дипломным работам
П.А. Каменский и Н.Е. Шиян, зачет
Семинары по дипломным работам (литобзоры)
Т.С Калебина, зачет
Молекулярная биология клеточной поверхности
Т.С Калебина, зачет

Молекулярная биология прокариот

Особенности и детали молекулярной биологии прокариот.

Программа

Иммуногенетика

Курс в стадии согласования

Прионы

Курс посвящен прионам – уникальным белковым структурам, обладающим вирусными свойствами.

Семинары по дипломным работам

Семинары призваны всесторонне подготовить студентов к защите дипломных работ, научить их правильно структурировать свои доклады.

Семинары по дипломным работам (литобзоры)

На семинарах происходит обсуждение обзоров литературы, которые студенты включают в свои дипломные работы. Студенты обучаются написанию научных текстов.

Молекулярная биология клеточной поверхности

Курс посвящен молекулярным основам клеточной поверхности – важнейшей субклеточной структуры, через которую происходит любое взаимодействие клетки с внешней средой.

2

курс, магистратура, весна

Семинары по дипломным работам
П.А. Каменский и Н.Е.Шиян, зачет

Семинары по дипломным работам

Продолжение семинаров осеннего семестра, «генеральные репетиции» защит дипломных работ.